แม้ว่ายาที่ผลิตจากโรงงานอุตสาหกรรมจะผ่านการตรวจวิเคราะห์คุณภาพ แต่หากการจัดเก็บยาในคลังเวชภัณฑ์ ห้องจ่ายยา สถานีอนามัย รถที่ใช้ขนส่ง หรือแม้แต่ที่อยู่อาศัยของผู้ป่วย อยู่ในสภาวะที่ไม่เหมาะสม ย่อมส่งผลกระทบถึงคุณภาพของยาหรือทำให้เกิดการเสื่อมสลาย (degradation) ของตัวยาสำคัญ (active pharmaceutical ingredients) ไวขึ้น อะไรบ้างที่ทำให้คุณภาพหรือความคงตัวของยาลดลงหรือเสียไป
สภาวะต่อไปนี้มีผลต่อความคงตัวของยา ได้แก่
อุณหภูมิ (temperature) อุณหภูมิสูงหรือต่ำเกินไปจะมีผลต่อคุณภาพของยาได้ โดยทั่วไปมักให้เก็บยาที่อุณหภูมิห้อง คือ อุณหภูมิประมาณ 18 -25 องศาเซลเซียส แต่ยาบางชนิดอาจระบุให้เก็บในตู้เย็น โดยเก็บในตู้เย็นช่องธรรมดา ไม่เก็บไว้ที่ช่องแช่แข็งหรือที่ฝาตู้เย็น เพราะเมื่อเราเปิด-ปิดตู้เย็น อาจทำให้อุณหภูมิแกว่งขึ้นลงได้ และควรหลีกเลี่ยงการเก็บยาไว้ในบริเวณที่มีแสงแดดส่องถึงเป็นเวลานานหรือมีความร้อนสูง เช่น รถยนต์จอดตากแดด ใกล้ๆ เตา ตู้อบ ตู้ไมโครเวฟ แสง ยาบางชนิดเมื่อถูกแสงจ้าหรือแสงแดดเป็นระยะเวลาหนึ่ง จะทําให้ยาเสื่อมสภาพ ใช้รักษาไม่ได้ผล ดังนั้น บรรจุภัณฑ์จึงมักทำเป็นซองหรือขวดสีชา กล่องกระดาษทึบ แผงอลูมิเนียม หรือแผงยาแบบกดเม็ดยาออก (บลิสเตอร์) ที่มีความทึบแสง เป็นต้น ยาเหล่านี้ไม่ควรแกะออกจากภาชนะบรรจุเดิมของยาหากยังไม่ต้องการใช้
ความชื้น (moisture) ความชื้นเป็นปัจจัยหนึ่งที่ทำให้ยาที่อยู่ในรูปของแข็งไม่คงตัว โดยอาจจะทำปฏิกิริยาโดยตรงหรือเอื้อให้เกิดปฏิกิริยาสลายตัวของยา ยาเม็ดส่วนใหญ่เมื่อโดนความชื้นจะมีผลต่อชั้นเคลือบเม็ดยาทำให้บวมหรือเกาะเป็นก้อนได้ จึงไม่ควรเก็บยาในบริเวณที่มีความชื้นสูง และควรปิดฝาขวดยาให้สนิททุกครั้ง
ความเป็นกรด-ด่าง (pH) ความเป็นกรด-ด่างจะมีผลต่อความคงตัวโดยเฉพาะตำรับยาฉีดหรือยาน้ำ หากความเป็นกรด-ด่างเปลี่ยนแปลง อาจทำให้ตัวยาสำคัญตกตะกอนหรือเสื่อมสลาย
Oxidation and enzymatic degradation สารออกซิเดชันที่สำคัญที่สุด คือ ก๊าซออกซิเจนในอากาศ ปฏิกิริยาออกซิเดชันจะเกิดเร็วขึ้นเมื่อถูก แสง ความร้อน หรือมีตัวเร่ง เพื่อหลีกเลี่ยงปฏิกิริยาดังกล่าวเราควรปิดภาชนะบรรจุให้สนิท และไม่วางบรรจุภัณฑ์ในที่ที่ไม่เหมาะสม
การจัดเก็บยาที่ไม่ถูกต้องจะทำให้ยาสูญเสียประสิทธิภาพ จากการที่ยาสัมผัสกับ อากาศ ความชื้น แสงแดด ซึ่งต่างก็เป็นตัวเร่งให้เกิดการเสื่อมสภาพของยา ดังนั้น จึงไม่ควรแกะยาที่บรรจุในแผงหรือแบ่งออกจากภาชนะที่ทางผู้ผลิตได้บรรจุมา ทั้งนี้เพื่อให้ยามีประสิทธิภาพอยู่ได้จนถึงวันหมดอายุตามที่ระบุบนบรรจุภัณฑ์ แต่หากมีความจำเป็นต้องแกะยาออกจากแผงหรือแบ่งยาออกจากกระปุกใหญ่ ให้แบ่งออกมาทีละน้อย ไม่ควรเกิน 1 สัปดาห์ สำหรับยาบางรูปแบบ แม้ว่าหลังเปิดใช้จะเก็บอย่างถูกต้องก็ไม่สามารถเก็บยานั้นใช้ได้จนถึงวันที่ยาหมดอายุ ได้แก่ ยาหยอดตา หลังเปิดใช้มีอายุอยู่ได้ 1 เดือน ยาปฎิชีวนะชนิดน้ำเชื่อมแขวนตะกอน หากเก็บที่อุณหภูมิห้อง (25 องศาเซลเซียส) อยู่ได้ 1 สัปดาห์ และหากเก็บในตู้เย็นอยู่ได้ 2 สัปดาห์
