ผลการจัดอันดับมหาวิทยาลัยของสำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษา เมื่อวันที่ 8 กันยายน 2549 ผลปรากฎว่า การจัดอันดับด้านการวิจัย คณะเภสัชศาสตร์ ม.มหิดล ได้อันดับที่ 1 ของกลุ่มคณะเภสัชศาสตร์ทุกมหาวิทยาลัย และได้อันดับที่ 6 ของสาขาชีวการแพทย์
และด้านการเรียนการสอน ได้อันดับที่ 25 ของสาขาชีวการแพทย์ และอันดับที่ 2 ของกลุ่มคณะเภสัชศาสตร์ทุกมหาวิทยาลัย
สามารถดูการจัดอันดับทั้งหมดได้ที่
http://www.pharmacy.mahidol.ac.th/_download/doc/facultyranking2549.doc
