คลังข้อมูลยาก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2526 ภายใต้นโยบายและการสนับสนุนของ อาจารย์ ประดิษฐ์ หุตางกูร คณบดีท่านแรกของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล โดยมีผู้ร่วมก่อตั้งหลายท่าน ได้แก่ ศาสตราจารย์ ฉวี บุนนาค ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ลิ้นจี่ หวังวีระ รองศาสตราจารย์ เฉลิมศรี ภุมมางกูร และ รองศาสตราจารย์ ธิดา นิงสานนท์ เมื่อแรกเริ่มคลังข้อมูลยาจัดเป็นโครงการเฉพาะกิจที่สิ้นสุดภายใน 5 ปี ตามระเบียบราชการในยุคนั้น ต่อมาในสมัยที่ รองศาสตราจารย์ ปราณี ใจอาจ ดำรงตำแหน่งคณบดี (พ.ศ. 2530 ถึง 2534) รองศาสตราจารย์ เฉลิมศรี ภุมมางกูร ซึ่งดำรงตำแหน่งรองคณบดีฝ่ายพัฒนาและวางแผนในขณะนั้นได้เสนอให้โครงการนี้เข้าเป็นหนึ่งในงานบริการวิชาการของคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ตามแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษาระยะที่ 6 ทำให้คลังข้อมูลยาเปลี่ยนสภาพจากโครงการเฉพาะกิจเป็นหนึ่งในหน่วยงานบริการวิชาการของคณะเภสัชศาสตร์นับแต่นั้นเป็นต้นมา
ปัจจุบันคลังข้อมูลยายังคงยืนหยัดทำหน้าที่จัดทำข่าวยา สารคลังข้อมูลยา (บทความการศึกษาต่อเนื่องทางเภสัชศาสตร์) เกร็ดความรู้สู่ประชาชน และตอบปัญหาเรื่องยาอย่างสม่ำเสมอ เพื่อให้บริการข้อมูลด้านยาที่ถูกต้องและมีคุณภาพ ก่อให้เกิดประโยชน์ต่อประชาชนและบุคลากรทางสาธารณสุขสาขาต่าง ๆ ให้มากที่สุด